這里將生成一個(gè)array－array intensity correlation（AAIC）相關(guān)性熱圖，如下：

TCGAanalyze＿Preprocessing（）中的參數(shù)：

參數(shù)用法object來(lái)自TCGAprepare的結(jié)果cor．cut設(shè)置閾值，根據(jù)樣本中各個(gè)樣本之間的spearman相關(guān)系數(shù)進(jìn)行過(guò)濾。默認(rèn)為0filename設(shè)置生成圖片文件的名稱(chēng)，默認(rèn)為PreprocessingOutput．pngwidth生成圖片的寬度?? height生成圖片的高度datatype描述RangedSummarizedExperiment 數(shù)據(jù)類(lèi)型的字符串

第五步：TCGAtumor＿purity（）篩選腫瘤純度大于60％的腫瘤barcodes

＃ TCGAtumor＿purity（barcodes， estimate， absolute， lump， ihc， cpe），使用來(lái)自5種方法的5個(gè)估計(jì)值作為閾值對(duì)TCGA樣本進(jìn)行過(guò)濾，這5個(gè)值是estimate， absolute， lump， ihc， cpe，這里設(shè)置cpe＝0．6（cpe是派生的共識(shí)度量，是將所有方法的標(biāo)準(zhǔn)含量歸一化后的均值純度水平，以使它們具有相等的均值和標(biāo)準(zhǔn)差）

＃篩選腫瘤純度大于等于60％的樣本數(shù)據(jù)

purityDATA ＜－ TCGAtumor＿purity（colnames（dataPrep1）， 0， 0， 0， 0， 0．6）

＃ filtered 為被過(guò)濾的數(shù)據(jù)， pure＿barcodes是我們要的腫瘤數(shù)據(jù)

Purity．LIHC＜－purityDATA＄pure＿barcodes

normal．LIHC＜－purityDATA＄filtered

filtered 為被過(guò)濾的數(shù)據(jù)（為正常組織的數(shù)據(jù)barcodes）， pure＿barcodes是我們要的腫瘤樣本barcodes。

第六步：將腫瘤表達(dá)矩陣與正常組織表達(dá)矩陣合并，進(jìn)行基因注釋

＃獲取腫瘤純度大于60％的340個(gè)腫瘤組織樣本＋50個(gè)正常組織樣本，共計(jì)390個(gè)樣本

puried＿data ＜－dataPrep2［，c（Purity．LIHC，normal．LIHC）］

第七步：進(jìn)行表達(dá)矩陣基因注釋

�；�因注釋?zhuān)�需要加載“SummarizedExperiment”包，“SummarizedExperiment container”每個(gè)由數(shù)字或其他模式的類(lèi)似矩陣的對(duì)象表示。行通常表示感興趣的基因組范圍和列代表樣品。

＃if （！requireNamespace（＂BiocManager＂， quietly ＝ TRUE））

install．packages（＂BiocManager＂）

＃BiocManager：：install（＂SummarizedExperiment＂）    ＃沒(méi)有的需要執(zhí)行下載代碼

library（＂SummarizedExperiment＂）

rowData（dataPrep1）   ＃傳入數(shù)據(jù)dataPrep1必須為SummarizedExperiment對(duì)象

＃ DataFrame with 56512 rows and 3 columns

＃                 ensembl＿gene＿id external＿gene＿name original＿ensembl＿gene＿id

＃                     ＜character＞        ＜character＞              ＜character＞

＃ ENSG00000000003 ENSG00000000003             TSPAN6       ENSG00000000003．13

＃ ENSG00000000005 ENSG00000000005               TNMD        ENSG00000000005．5

＃ ENSG00000000419 ENSG00000000419               DPM1       ENSG00000000419．11

＃ ENSG00000000457 ENSG00000000457              SCYL3       ENSG00000000457．12

＃將結(jié)果寫(xiě)入文件“puried．LIHC．cancer．csv”

rownames（puried＿data）＜－rowData（dataPrep1）＄external＿gene＿name

write．csv（puried＿data，file ＝ ＂puried．LIHC．csv＂，quote ＝ FALSE）

第八步：進(jìn)行表達(dá)矩陣標(biāo)準(zhǔn)化和過(guò)濾，得到用于差異分析的表達(dá)矩陣

｀TCGAanalyze＿Normalization（）｀使用EDASeq軟件包標(biāo)準(zhǔn)化mRNA轉(zhuǎn)錄本和miRNA。

＃TCGAanalyze＿Normalization（）執(zhí)行EDASeq包中的如下功能：

1． EDASeq：：newSeqExpressionSet

2． EDASeq：：withinLaneNormalization

3． EDASeq：：betweenLaneNormalization

4． EDASeq：：counts

dataNorm ＜－ TCGAanalyze＿Normalization（tabDF ＝ puried＿data，

geneInfo ＝ geneInfo，

method ＝ ＂gcContent＂）

TCGAanalyze＿Normalization中的參數(shù)：

參數(shù)用法tabDFRNAseq表達(dá)矩陣，行代表基因，列代表樣本geneInfo關(guān)于geneLength和gcContent的20531個(gè)基因的矩陣，“geneInfoHT”和“geneInfo”可選。method選擇標(biāo)準(zhǔn)化的方法，基于’gcContent’ 或 ’geneLength’的標(biāo)準(zhǔn)化方法可選

＃將標(biāo)準(zhǔn)化后的數(shù)據(jù)再過(guò)濾，去除掉表達(dá)量較低（count較低）的基因，得到最終的數(shù)據(jù)

dataFilt ＜－ TCGAanalyze＿Filtering（tabDF ＝ dataNorm，

method ＝ ＂quantile＂，

qnt．cut ＝  0．25）

str（dataFilt）

＃num ［1：13083， 1：340］ 274 2432 60347 1012 1947 ．．．

＃－ attr（＊， ＂dimnames＂）＝List of 2

＃ ．．＄ ： chr ［1：13083］ ＂A1BG＂ ＂A1CF＂ ＂A2M＂ ＂A4GALT＂ ．．．

＃ ．．＄ ： chr ［1：390］ ＂TCGA－DD－AAD5－01A－11R－A41C－07＂ ＂TCGA－DD－A4NO－01A－11R－A28V－07＂ ＂TCGA－EP－A2KA－01A－11R－A180－07＂ ＂TCGA－DD－AACP－01A－11R－A41C－07＂ ．．．

TCGAanalyze＿Filtering（）中的參數(shù)：

參數(shù)用法tabDF數(shù)據(jù)框或者矩陣，行代表基因，列代表來(lái)自TCGA的樣本method用于過(guò)濾較低count數(shù)的基因的方法，有’quantile’， ’varFilter’， ’filter1’， ’filter2’qnt．cut選擇均值作為過(guò)濾的閾值

最后將過(guò)濾后的數(shù)據(jù)寫(xiě)入文件“TCGA＿LIHC＿final．csv”，就得到我們用于后續(xù)差異分析的表達(dá)文件：

write．csv（dataFilt，file ＝ ＂TCGA＿LIHC＿final．csv＂，quote ＝ FALSE）

＃保留的是390個(gè)樣本（前340腫瘤，后50正常組織）

今天的數(shù)據(jù)預(yù)處理就講到這里，接下來(lái)我們將分享：數(shù)據(jù)分析（差異表達(dá)分析、富集分析和聚類(lèi)分析等）。如果你喜歡的話(huà)，就加入我們一起挖數(shù)據(jù)吧～～